O položaju Srpske pravoslavne crkve, njenog sveštenstva i vernog naroda u Nezavisnoj Državi Hrvatskoj u vremenu Drugog Svetskog Rata pisano je dosta u istorijskoj nauci i publicistici. Međutim, svi ti radovi su uglavnom fokusirani na sudbinu srpskog življa u oblastima kao što su Severna Dalmacija, Slavonija, Lika, Kordun, Banija, kao i Bosna i Hercegovina. O Srbima i Srpskoj pravoslavnoj crkvi u Sremu ima srazmerno manje istoriografskih dela. Tome je doprinela inertnost naših istoričara, ali i teška pristupačnost arhivske građe i dokumentacije koja se odnosi na ovu srpsku pokrajinu koja je voljom Sila Osovine u pobedničkom i revizionističkom naletu aprila 1941. godine bila dodeljena ozloglašenoj Nezavisnoj Državi Hrvatskoj.
Po crkvenoj evidenciji za 1924. godinu Batajnica je spadala u red parohija 1. klase. Na njoj je bio postavljen sveštenik Jovan Jović koji je bio duhovni pastir 2513 duša. Te godine je parohija potpadala pod arhijerejsko namesništvo zemunsko Eparhije sremsko-karlovačke. Prema crkveno administrativnoj podeli iz 1931. godine Batajnica je došla pod duhovnu upravu Arhiepsikopije beogradsko-karlovačke. Tako je zatekao i rat 1941. godine.
O stanju u batajničkoj parohiji u drugoj polovini 1941. godine saznajemo iz izveštaja njenog izbeglog paroha Pavla K. Šuvakovića sačinjenog u Beogradu 14. maja 1942. godine. Njegov izveštaj počinje brojnim stanjem, odnosno kako je Batajnica imala uoči rata 2750 Srba. Svešteniku nije poznato da li je i koliko je ljudi stradalo od ustaša sem «što je bilo nekoliko zatvorenih, navodno radi komunizma.
Nekoliko desetina Batajničana se prebacilo u Beograd, a uglavnom su to bili zaposleni na Železničkoj stanici. Sveštenik Pavle K. Šuvaković izbegao je sa svojom porodicom 10. oktobra 1941. godine. Naime, dva dana ranije batajničkom parohu je došao «rimokatolički župnik iz Novih Banovaca i savatovao (mu) da se skloni jer postoji naređenje da se svi srpski sveštenici pohapse.
Strepeći za svoj život i živote svojih najbližih batajnički sveštenik se obratio sreskom načelniku, izvesnom Švugeru, od koga je dobio iskreni odgovor da je primio naređenje koje mora sprovesti u delo. To naređenje se sadržalo u sledećem: «da sve srpske crkve zatvori, a sveštenike pohapsi». Srpskom svešteniku je dao iskreni savet «da ako može još istog dana pređe u Beograd». Ilustracije radi navedimo i odnos pomenutog Švugera prema parohu dobanovačkom kome je pročitao prispelo naređenje i savetovao da beži ka Beogradu. Jerej Stevan Lučić, paroh dobanovački je zapamtio reči koje mu je iz pisma čitao Švuger, tada «kotarski predstojnik» zemunski: «Izvolite čim prije na teritoriji Kotara zemunskog uhititi sve grko-istočne preostale monahe-kaluđere i parohijske svećenike sa njihovim obiteljima i u Caprag poslati.
Izvolite grko-istočne crkve zatvoriti i sva crkvena blaga oduzeti i u Zagreb poslati, a na crkvene imovine postaviti komesare... Izuzimajući od ovoga Ruse, Bugare, Rumune, Crnogorce i stare i iznemogle svećenike, a koji se nisu pokazali kao nepoćudni prema Nezavisnoj Državi Hrvatskoj. Sve napred pomenuto ima se izvršiti u celosti, a pod ličnom odgovornošću kotarskog predstojnika s tim da se po svaku cijenu onemogući svaki rad grko-istočnim svećenicima».
Ustaše su oduzele imovinu svešteniku, zatvorile srpsku crkvu Sv. Arhangela Gavrila u Batajnici, a tom prilikom je Sokolski dom pretvoren u Ustaški tabor.
Poglavnik NDH dr Ante Pavelić je u svom govoru od 28. februara 1942. godine u Hrvatskom saboru proklamovao: «U pravoslavlje ne dira nitko, ali u Hrvatskoj ne može biti Srbske pravoslavne crkve». Dok je A. Pavelić tako govorio započinjala je šira i koordinirana aktivnost da se stvori psevdocrkvena organizacija koja će odgovarati potrebama NDH. Odnosno, jedna institucija koja bi mase srpsko-pravoslavnog stanovništva učinila Hrvatima istočnog obreda.
O osnivanju Hrvatske pravoslavne crkve prvi put je ozbiljno raspravljano 11. marta 1942. godine na sednici Stalnog odbora za pravosudne i bogoštovne poslove Hrvatskog državnog sabora. Poglavnik Ante Pavelić i «ministar vera» NDH Mirko Puk su 3. aprila 1942. doneli Zakonsku odredbu o Hrvatskoj pravoslavnoj crkvi, odnosno «da se na području Nezavisne Države Hrvatske osniva Hrvatska pravoslavna crkva koja je samosvojna (autokefalna)».Dana 5. marta 1942. je za poglavara ove nekanonske ustanove od strane poglavnika postavljen ruski episkop Germogen (1861-1945), bivši jekaterinoslavski i novomoskovski, koji od 1922. boravi u Srbiji i koji je kao izbeglica od komunista uživao gostoprimstvo Srpske pravoslavne crkve. Sada je bio pravoslavni mitropolit zagrebački i poglavar Hrvatske pravoslavne crkve sa dostojanstvom arhiepiskopa.
Hrvatska pravoslavna crkva je apostolsko prejemstvo i blagodat «dobijala» preko jerarhije Rumunske pravoslavne crkve. To je bilo očigledno u slučaju „hirotonije“ Spiridona Mifke za episkopa Sarajevske eparhije HPC 1944. Godine. Taj nekanonski potez susedne pomesne crkve, koja je bila u sistemu Hitlerovog Novog poretka, bio je posle rata prepreka dobrosusedskim odnosima dve Patrijaršije.
Nakon osnivanja Hrvatske pravoslavne crkve u Batajnici je osnovana parohija – «župa» HPC. Od 27. avgusta 1942. godine jeromonah Emilijan Šimatović je bio sveštenik Hrvatske pravoslavne crkve u našem mestu. Koliko se da zaključiti ovaj sveštenoslužitelj je bio školovan i angažovan pre rata u Srpskoj crkvi. Po izbijanju rata i u novim teškim političkim okolnostima, prilagodio se novonastaloj situaciji našavši se na platnom spisku mitropolita Germogena.
Prema izveštaju Svetozara Dušanića o stanju u Istočnom Sremu (u mestima Dobanovci, Surčin, Ugrinovci, Progar, Petrovčić, Batajnica, Vojka, Prhovo, Karlovčić, Sremski Mihaljevci) za batajničku parohiju se kaže: «Ovde je došao za paroha neki Rus, starac, koga sada zamenjuje u dužnosti kaluđer iz Svete Gore zvani Misirača, rodom iz Surčina. Misirača služi po starom kalendaru, dok je Rus služio po novom».
Sveštenici Hrvatske pravoslavne crkve u Istočnom Sremu su uglavnom bili Rusi-emigranti. Nevoljnici koji su na južnoslovenske prostore došli posle 1917. godine, usled Oktobarske revolucije i komunističkih progona. Bez otadžbine i sigurnih prihoda, bili su lak plen za sablazan i prelest koje su dolazile iz Ministarstva bogoštovlja NDH. U Dobanovcima je, na primer, bio aktivan jeromonah Vasilije Pavlovski. O njemu je ostala ocena: «On služi bogosluženje po starom pravoslavnom načinu, praznike praznuje po starom kalendaru, spominje patrijarha Gavrila i kralja Petra. Da nije malo više sklon alkoholu bio bi dosta dobar». Ovaj sveštenik, slobodnijeg života, se nije obazirao na mitropolita Germogena i na vlasti NDH, više je želeo da ima dobre odnose sa lokalnim Srbima.
Emilijan Šimatović je 24. oktobra 1943. godine pisao mitropolitu Josifu Cvijoviću izveštavajući ga o zločinima koje su nad Srbima činili pripadnici Ruskog dobrovoljačkog korpusa u Sremu («ruski, odnosno nemački dobrovoljci, po nazivu Rusi») u Sasama, Belegišu, Ugrinovcima, Kreševcima, Deču i Jakovu. Većina crkvenih tornjeva je srušena, a «pored pruge Zemun-Karlovci i Zemun-Vinkovci vise naši mrtvi». O pljačkama i zverstvima koja su počinjena u Beškoj pisao je Emilijanu Šimatoviću Amvrosije Veselinović.
«Da li je Makedonija naša, kako se ovde čuje, da li bih mogao doći u nju, ako je slobodna? Ovde već i pamet ne radi, a trpiti se mora. Visokopreosvećeni, ako ne javljam razumete me da ne mogu, a ne da neću», objašnjavao je svoj teški položaj, pokušavajući da se opravda što služi u nekanonskoj crkvi jeromonah Emilijan.
Krajem maja 1944. godine utehu je pokušao da pronađe u prepisivanju Jevanđelja u srednjovekovnom maniru: „Početo prepisivanje Sv. Evanđelja 23. maja 1944. god. Kada sam kao paroh bio u Batajnici u Nezavisnoj Državi Hrvatskoj, grešni rab Božiji jeromonah Emilijan“
Uprkos tome što se bližio kraj rata, ustaške vojne formacije su činile zločine u krajevima Srema, tik nadomak Beograda.
Pripadnici Ustaške Crne Legije su u prvoj polovini 1944. godine kontrolisali logor u Starom Sajmištu. U jedan mah su sakupili 60-80 zarobljenika isključivo civila. Prema izveštaju sastavljenom na osnovu izjava upućenih svedoka zapisano je: «Koliko može da se zna, većina pobijenih je bila iz staropazovačkog sreza i zemunske okoline. Ljudi koji su vršili kopanje ovih žrtava, nisu mogli lako da prepoznaju i identifikuju pobijene, jer su im tela bila iskidana, a glave razmrskane od množine mitraljeskih metaka. Pričaju da se među njima, izgleda, nalazi i jedan student teologije, neki Glumac iz Ugrinovaca».
Redovno stanje u Batajničku parohiju vraćeno je po oslobođenju 1945. Godine. Osnivanje i autokefalija HPC je proglašena ništavnom, mitropolit Germogen je još 6. juna 1942. kao arhijerej Ruske zagranične crkve stavljen pod zabranu služenja, a radi crkvene ikonomije sveštenici koji su rukopoloženje stekli u Srpskoj crkvi pa otišli u Hrvatsku primljeni su natrag. Njihova sveštenodejstva su iz istih pastirskih i čovekoljubivih razloga od strane Svetog Arhijerejskog Sinoda SPC primljena za validna. Na batajničku parohiju i u hram je došao sveštenik Srpske pravoslavne crkve i matične knjige su ponovo počele da se vode ćirilicom. Pokušaj razsrbljavanja Srema i Batajnice kroz pseudoduhovni projekat Hrvatske pravoslavne crkve nije uspeo. Ipak, vladavina NDH ostavila je gorku uspomenu i tužnu senku u istorijskom pamćenju kićenog Srema.