Nakon propasti Hunske države, na području Srema dolazi do značajnih promena. Vlast Istočnog rimskog carstva obnovljena je samo nominalno, a već 456. godine, uz saglasnost cara Markijana, u Panoniji se naseljavaju Ostrogoti. Oni biraju Sirmijum za svoje središte, ali situacija se menja kada 473. godine u Srem upadaju Gepidi. U tom periodu, Gepidi i Ostrogoti dele vlast nad Sremom.
Tokom VI veka, nakon sukoba Vizantije i Ostrogota, dolazi do kraja Ostrogotske države. Gepidi, za razliku od drugih germanskih plemena, osim ratovanja, bave se i zemljoradnjom i stočarstvom, osnivajući stalna naselja i nekropole. Područje Batajnice bogato je arheološkim nalazima koji potvrđuju prisustvo Gepida.
Jedno od najvažnijih arheoloških otkrića u Batajnici dogodilo se 1939. godine na lokalitetu „Bekića salaš“. Tada je otkriven grobnica gepidskog kneza, poznata kao ratnički grob konjanika. U grobu su pronađeni brojni predmeti, uključujući koplje, štit, mač sa zlatom okovanim koricama, kao i gvozdene uzengije i keramičke posude. Najznačajniji nalaz bio je šlem tipa Baldenhajm, jedan od svega 35 takvih šlemova pronađenih na Balkanu, što ukazuje na visok društveni status preminulog.
Ova grobnica datira iz 567. godine, neposredno pre uništenja Gepidske države. Prazninu koju su Gepidi ostavili popunili su Avari, koji su formirali moćan kaganat i uključili slovenska plemena. Avari su kroz VII vek prelazili Savu i Dunav, ugrožavajući Vizantiju.
Šlem pronađen na prostoru Batajnice iz 6. veka.
Propast Avarskog kaganata omogućila je naseljavanje Slovena na prostoru jugoistočnog Srema, a krajem IX veka dolaze i Mađari. Na teritoriji Batajnice, tokom izgradnje aerodroma krajem 40-ih godina, otkrivena je avaraska nekropola. Iako je većina ovih lokaliteta uništena, brojni slučajni nalazi duž Dunava potvrđuju postojanje manjih avarskih grobnica i na području Batajnice.
Tokom 1958. i 1959. godine sprovedena su arheološka ispitivanja na dva lokaliteta poznata kao Velika i Mala humka, smeštena između naselja Šangaj i Busije. Ovi lokaliteti, iako danas uništeni, pokazali su da su u pitanju ranomađarske nekropole iz perioda X veka.
Batajnička nekropola, sa 115 grobova, pokazuje sličnosti sa drugim mađarskim grobnicama iz tog perioda, uključujući nalaze oružja, konjaničke opreme i nemaština. Posebno zanimljivo je otkriće ostataka konja u nekim grobovima, što potvrđuje praksu Mađara da sahranjuju svoje konje zajedno sa ratnicima.
Prostor Batajnice je kroz vekove bio dom raznim narodima i civilizacijama, od Gepida i Ostrogota, preko Avara, do Mađara. Svaki od ovih naroda ostavio je trag u vidu arheoloških nalaza, koji danas čine neprocenjivo bogatstvo za razumevanje prošlosti ovog kraja.