Pucnji u Sarajevu 28. juna 1914. godine, odjeknuli su širom Austrougarske posebno u krajevima naseljenim srpskim življem. Vreme od 28. juna do 28. jula 1914. godine, poznato u istoriografiji kao „Julska kriza", budno je propraćeno u delu Srema u neposrednoj blizini granice. Nije dugo trebalo da se efekti početka rata osete i u Batajnici. Železnička pruga koja je prolazila i dan danas prolazi kroz naselje odigrala je ključnu ulogu u transportovanju i raspoređivanju trupa.
Tokom avgusta 1914. u Batajnici u kući Todora Vulka boravio je i austrougarski general Kazimir Dominik fon Litgendorf (1862-1958), koji je komandovao napadom na prestonicu Srbije. Na samom početku rata, deo vojnih obveznika iz Batajnice odmah je mobilisan i upućen u svoje vojne jedinice. Prve prave borbe vođene u njenoj neposrednoj blizini odigrale su se početkom septembra 1914. godine, prilikom ofanzive srpske vojske u Sremu.
Nakon uspešne pobede na Ceru i odbacivanja austrougarske ofanzive preko Drine avgusta 1914. godine, savezničke trupe zahtevale su od srpske Vrhovne komande da forsira prelaz preko austrougarske teritorije u dva pravca: u pravcu zapada preko Drine i u pravcu severa preko Save i Dunava. Najbliži gradovi u Sremu, koji su označeni kao prve mete napada bili su Mitrovica (iz pravca Šapca) i Zemun (iz pravca Beograda).
Noću između 9. i 10. septembra 1914. godine, nakon prethodnih operacija regularne vojske i diverzantskih jedinica, srpska vojska je ušla u Zemun, nakon čega je uspostavljena kontrolu u gradu. Narednog dana 11. septembra, goneći austrougarske trupe u pravcu severa u Batajnicu je ušao jedan konjički odred srpske vojske pod komandom majora Svetislava Đukića (to je ujedno prvo kratkotrajno oslobođenje Batajnice).
Po svedočenju koje je ostavio potonji dobrovoljac u srpskoj vojsci Svetislav Krstić Lale iz Šimanovaca, koji se tih dana zatekao u Batajnici kod svojih rođaka, a gde je imao školskog druga iz karlovačke gimnazije Bogdana Smiljanića potonjeg jugoslovenskog diplomate. Meštani su sa oduševljenjem dočekali srpsku vojsku koja je nedugo zatim bila raspoređena po kućama u čemu su im Krstić, Smiljanić i Smiljanićeva tri brata pomogli. Takođe uz svesrdnu pomoć Krstića i Smiljanića koji su im pokazali gde se nalazi jedina telefonska centrala u selu, a koja se nalazila na železničkoj stanici, Đukićevi ljudi su demontirali centralu.
Goneći austrougarske trupe u pravcu severa tačnije linijom Batajnica-Nova Pazova-Stara Pazova, konjički odred majora Đukića ušao je u praznu Novu Pazovu, u to doba gotovo čisto nemačko („švapsko“) naselje. Po svedočenju koje posle rata u crkvenom letopisu ostavio tadašnji batajnički paroh otac Stevan Jović, zajedno sa srpskom vojskom u Novu Pazovu su ušli i pojedini stanovnici Batajnice:
...Dne 28. VII pređoše Srbijanci na ovu stranu i dođoše do nas, a Nemci iz najbližeg nam sela Nove Pazove, ukloniše se ispred Srbijanaca ostavivši sve, kuće i imanja svoja. Naš neki nevaljalac upotrebi ovu priliku, ode u pljačku u Novu Pazovu i nešto donese otuda, to vide i drugi i treći, pa bez svakoga razmišljanja i peti i deseti, koje se zaustavilo - ugledajući se jedno na drugog čak na četrdesetom i ovi ponešto: koji kravu, koji tele, koji svinjče, koji pokućstvo i hrane otuda donese u selo naše....
Tokom boravka srpske vojske u Batajnici, austrougarske trupe kontrolisale su plovni put na Dunavu kod Batajnice i u toku 12. septembra jedan austrougarski monitor spustio se paralelno sa Batajnicom, i dejstvovao je preko Batajnice na srpske trupe koje su se tamo nalazile.
Srpska vojska se nije dugo zadržala u Sremu, svega tri dana posle ulaska u Batajnicu 14. septembra 1914. godine usled jakog dejstva austrougarskih trupa koje su dovučene iz pravca Petrovaradina bila je prinuđena da se povuče preko Save i Dunava, a zajedno sa njom prešao je i veliki broj stanovnika Zemuna i okolinih sela, između ostalog i Batajnice, poput Bogdana Smiljanića i njegove trojice braće koji su se upisali u dobrovoljce.
Nezadovoljna dočekom koji je narod priredio srpskoj vojsci i pljački koja je sprovedena u Novoj Pazovi, austrougarske trupe (mahom sastavljene od Mađara) sprovele su velike odmazde širom Srema, kao i u Borči u Banatu koja se takođe tokom septembarske ofanzive nalazila pod kontrolom srpske vojske.
Austrougarske trupe ušle su u selo 14. septembra u 08:00 časova. Oko podneva preko dobošara zvanično je izdata naredba da svi stanovnici sela dođu na železničku stanicu. Pošto realizacija te naredbe po svemu sudeći nije prošla glatko, vojne i žandarmerijske patrole upadale su u dvorišta i iz kuća isterivale stanovništvo uz nezaobilazno šikaniranje. Po sakupljanju na železničkoj stanici austrougarske trupe stanovnike su razdvojile u dve grupe na mušku i žensku grupu. Žene i decu do 14. godina su pustili kućama, a sve muškarce od 15. godina starosti svezaše u grupe dva po dva i odvedoše ih oko 19:00 časova u Novu Pazovu zajedno sa svojim sveštenikom Stevanom Jovićem gde su stigli oko 22:00 časa. Bili su smešteni u dve školske učionice, gde su proveli čitavu noć 14/15. kao i čitav dan 15. septembra, dočekujući sredu 16. septembar 1914. godine u nehumanim uslovima, dobijajući po njihovom svedočenju ,,...vruću vodu. U kazanu, u toj vrućoj vodi, našlo se prvog dana tek nekoliko zrna pasulja, a drugog dana i po koji krompir. U dvoranama je bilo tako toplo i smrdljivo, da je izgledalo da će se svi ugušiti.“
Dana 16. septembra 1914. u sredu ujutru, iz Batajnice su doveli i žene i decu u Novu Pazovu, gde su ih stavili ispred škole. Prilikom boravka u Novoj Pazovi, vršena su ispitivanja ljudi kako bi se saznalo kako se ko ponašao za vreme dok su bili Srbijanci u Batajnici.
Od ukupnog broja 90-tak ljudi, upućeno je vagonima za Petrovaradin gde su stigli 17. septembra. Prilikom dolaska u Petrovaradin, smestili su ih na livadu gde se u to vreme nalazilo vežbalište za vojsku „egzercirplac", a između dva svetska rata tu je bilo igralište za fudbal. Tom prilikom poginuo je Ivan Senković opštinski beležnik u jednom manjem sukobu sa austrougarskim vojnicima.
Tu je izvršeno suđenje i oko 15:00 časova oficiri su naredili jednoj grupi od 44 ljudi da ustane i izdvojiše ih napred. Prilikom izricanja presude istaknuto je da će svaki 10 biti streljan. Pošto je u toj grupi bilo maloletnih ljudi starosti od 15. do 18. godina, njih su prethodno izdvojili van. Pošto su mladići izdvojeni, iz preostale grupe izabran je svaki četvrti ukupno njih 10. koji su streljani. Tom prilikom streljani su: Maksim Mijović (46), Bogoljub „Ljuba" Bokun (56), Slavko Englendžija (21), Stanko „Stojko“ Radojčić (61), Živan „Žika" Marković (46), Milan Stepanović (34), Nikola Jovanović (28), Petar Jovanović (18), Svetozar Jovanović, rođen u Starim Banovcima (44) i Rajko "Rada" Jovanović, rodom iz Krnješevaca.
Broj stradalih tih septembarskih dana nije bio konačan, pošto su naknadno u Zemunu streljani još i Petar Starčević trgovac i Lazar Stričević (Stevan Jović u crkvenom letopisu Petra Starčevića, naziva Pera Grk i navodi da se "ne zna gde" su). Pored njih iza železničke stanice streljan je vojnik Aleksa Dražić, a u Petrovaradinu je umrla Julka Jovanović (30), dok je u Batajnici preminula Dinka Obreški (24).
Meštani Batajnice su se 18. septembra 1914. vratili u Batajnicu gde su zatekli svoja imanja u haotičnom stanju. Međutim, nije dugo prošlo i kao odmazda početkom oktobra 1914. godine, svi muškarci stariji od 15. godina su internirani u mnogim mestima Hrvatske (Klenovik, Varaždin, Konjština, Bisag, Turanj, Žljebić, Karlovci...). U selu su ostale žene i deca koji su obavljali svakodnevne poslove oko polja i stoke, trpeći i druge probleme poput boravka austrougarskih trupa u selu. Gotovo godinu i po dana, tačnije do početka proleća marta 1916. godine u Batajnici je svaki društveni život zamro, poput funkcionisanja crkve i crkvene opštine.
Nakon sloma Srbije u zimu 1915. godine, za Austrougarsku je to značilo da opasnost potencijalnog prilaženja srpskog stanovništva Batajnice Srbiji više ne postoji, počeo je povratak interniranih stanovnika.
Između ostalih početkom marta u Batajnicu se vratio i mesni paroh Stevan Jović, koji je započeo inicijativu obnove crkvenog života. Crkvu je zatekao zazidanu, dok je parohijski dom bio zauzet od strane austrougarskih vojnika.
Po nalogu episkopa Mirona Pakračkog 26. marta 1916. godine Jović je sa grupom ljudi odzidao crkvu i popisao stanje koje je bilo u njoj. Primetili su da je crkva dosta stradala, a crkveni inventar opljačkan. Jović je podneo molbu za nadoknadu Poglavarstvu i obnovno crkveni život u selu. Kao i u drugim mestima Austrougarske i u Batajnici je sa crkvenog zvonika zbog potrebe za gvožđem uklonjeno crkveno zvono.
Pored stradanja naselja septembra 1914. godine, i interniranja brojnog stanovništva, specifičnost Batajnice ogledala se i u tome što je jedan deo Batajničana bio u austrougarskoj vojsci na raznim frontovima čiji su i vojni obveznici bili, a drugi deo kao dobrovoljci učestvovao u redovima srpske vojske kao što je bio slučaj sa Bogdanom Smiljanićem i njegovom braćom. Počev od 1916. godine i formiranja srpske dobrovoljačke divizije u Odesi sve više je počelo da se od ratnih zarobljenika austrougarske vojske južnoslovenskog porekla formiraju dobrovoljačke jedinice koje su se slale na Solunski front, među njima je bilo i ljudi iz Batajnice koji su kao učesnici rata učestvovali u agrarnoj reformi sprovedenoj posle rata i dobili svoje posede poput Ilije Smiljanića, Bogdanovog brata.