Preotimanjem Srema od turske uprave, austrijske vlasti su težile da uspostave feudalni sistem na ovom području. Godine 1697, neposredno pre bitke kod Sente, papa dodeljuje knezu Liviju Odeskaliju deo Srema u zamenu za finansijsku podršku caru Leopoldu I. Odeskalijev posed uključivao je veliki deo Srema, ali tvrđave Petrovaradin, Slankamen i Zemun ostale su pod državnom kontrolom. Po tadašnjim administrativnim granicama, Srem je obuhvatao prostor između Zemuna, Petrovaradina, Iloka, Šida i Rače.
Godine 1702. ustanovljena je Podunavska i Posavska vojna granica, što je dodatno suzilo teritoriju Srema pod austrijskom kontrolom. Nakon Požarevačkog mira 1718, austrijske vlasti preuzimaju „turski Srem“ južno od Save, uključujući Batajnicu, i organizuju prostor kroz tri komorska vlastelinstva: Surčinski, Surdučki (kasnije Zemunski) i Mitrovački.
Batajnica, verovatno obnovljena početkom 18. veka, ulazi u posed grofa Džona Odvijera, irskog aristokrate i komandanta Beograda od 1718. do 1722. godine. Posle njegove smrti, njegova udovica prodaje posed baronima Pejačevićima, koji Batajnicu drže do njene integracije u Vojnu granicu. Kasnije, do kraja 1745. godine, Batajnica postaje deo Zemunskog vlastelinstva.
Prvi podaci iz sredine 18. veka beleže da Batajnica ima oko 20 kuća i stotinak stanovnika, ali tokom 1760-ih broj raste na 59 kuća i preko 600 ljudi. Stanovnici su se bavili poljoprivredom i stočarstvom, što potvrđuje popis iz 1736/1737. godine – Batajničani su tada imali 63 jutra obradive zemlje i 63 grla stoke. Krajem veka, broj stanovnika se povećava, a Batajnica postaje značajno naselje sa više od 150 kuća.
Početkom druge polovine 18. veka, Batajnica dobija vojni značaj kao graničarsko mesto, sa obavezom davanja vojnika za Vojnu granicu. Uz to, meštani su zbog nedostatka drveta morali da se snabdevaju preko Zemunskog magistrata, koji im je obezbeđivao građevinski materijal i ogrev. Takođe, meštani su 1726. godine podigli prvu crkvu, drvenu građevinu bez zvona, i osnovali prvu školu.
Iako je Batajnica privlačila stanovnike iz drugih delova Vojne granice, postojali su i slučajevi odlaska. Izvesni Sima Jovanović, čamdžija iz Srbije, kažnjen je jer je prebacio Božidara Stričevića iz Batajnice u Osmansko carstvo, čime je prekršio zabranu prelaska granice.
Tokom Prvog srpskog ustanka, Batajnica je bila na važnoj ruti prema Srbiji. Kroz selo su prolazile vojne trupe i zabavljačke družine. Harambaša Ilija Šarac iz Batajnice, poznat po vođenju hajdučke grupe, uhvaćen je tokom ustanka i zadržan u kontumacu u Zemunu.
Revolucija 1848. godine i borba za prava Srba u Habsburškoj monarhiji značajno utiču na Batajnicu. U ovom periodu, Batajnica postaje tranzitna tačka za trupe i delegacije. Na Majskoj skupštini u Sremskim Karlovcima, Batajnicu predstavljaju Teodor Vulko i Jovan Ranković.
Posle formiranja Austrougarske 1867, Batajnica postaje deo Hrvatske i Slavonije, a ukidanje Vojne granice 1881. godine donosi obavezno služenje vojnog roka. Izgradnja železnice 1883. godine, koja povezuje Batajnicu sa Zemunom i Beogradom, dodatno doprinosi njenom razvoju. Železnička stanica postaje centar aktivnosti, uz vojni garnizon i prvi telefonski aparat u mestu.
Početkom 20. veka, Batajnica dobija čitaonicu i Srpsku narodnu čitaonicu, osnovanu 1907. godine, koja igra važnu ulogu u očuvanju srpske kulture i jezika. Meštani podržavaju kulturne manifestacije i učestvuju u političkim aktivnostima Srba u Austrougarskoj.
Balkanski ratovi i tenzije sa Srbijom dovode do nagomilavanja austrougarskih trupa u Batajnici, kao strateškom položaju blizu granice sa Srbijom. Dok lokalno stanovništvo ostaje većinski srpsko, priliv nemačkih i mađarskih službenika izaziva nesigurnost u Beogradu.
Na pragu Prvog svetskog rata, Batajnica je razvijeno graničarsko selo sa bogatom istorijom, koje dočekuje izazove turbulentnih političkih promena.